I. Postavení státního zástupce před soudem

V § 180 TrŘ je přímo rozvedena a konkretizována obžalovací zásada obsažená v § 2 odst. 8. Ta je po novele doplněna tak, aby z ní vyplývalo, že státní zástupce je povinen zejména při dokazování v hlavním líčení vystupovat iniciativně, opatřovat další důkazy (z vlastního popudu či na návrh předsedy senátu), aby byly objasněny všechny podstatné skutečnosti rozhodné z hlediska podané obžaloby, neboť je to on, kdo podáním obžaloby postavil obviněného před soud s návrhem, aby byl za žalovaný trestný čin odsouzen a potrestán. Státní zástupce, který se po podání obžaloby stává stranou (§ 12 odst. 6 TrŘ), má nyní větší odpovědnost za průběh celého řízení před soudem, musí vyvíjet daleko větší aktivitu.

Státní zástupce získává navíc možnost nejen provádění důkazů navrhovat, ale také je sám zpravidla provádět (se souhlasem nebo na výzvu předsedy senátu) -> důkazy, které podporují obžalobu. Toto oprávnění lze vyčíst z § 180 odst. 3 v souvislosti s § 203 odst. 1 (provedení jednotlivého důkazu může předseda senátu uložit státnímu zástupci) a § 215 odst. 2 (státní zástupce může žádat, aby mu bylo umožněno provést důkaz). Aby byla zachována zásada rovnosti zbraní obou stran řízení, má stejné právo žádat o možnost provést důkaz svědčící v její prospěch i obhajoba (§ 215 odst. 2). Obhajobě nemůže být s ohledem na zásadu, že hájit se je právo ne povinnost, uložena povinnost důkaz provést.

Nově je upravena možnost podat kdykoliv v průběhu řízení námitku proti způsobu provádění jakéhokoliv úkonu v přítomnosti stran (§ 180 odst. 4). Může jít např. o námitku, že druhá strana klade svědkovi sugestivní otázky. O vznesené námitce rozhoduje opatřením předseda senátu a dle § 203 odst. 3 může strana požádat, aby o ní rozhodl senát.

Obžalobu může vzít státní zástupce zpět až do doby, než se soud prvního stupně odebere k závěrečné poradě. Po zahájení hlavního líčení však může obžalovaný trvat na tom, aby se v líčení pokračovalo (vidí, že má velkou naději na vynesení zprošťujícího rozsudku), pak není zpětvzetí a návrat věci do přípravného řízení možné (§ 182). Je to znovu odraz snahy o větší odpovědnost státního zástupce za podanou obžalobu. Není možné prodlužovat tímto způsobem trestní řízení.

II. Postup soudu po podání obžaloby

Podaná obžaloba se musí u soudu nejprve přezkoumat, k čemuž slouží předběžné projednání obžaloby. Jedná se o fakultativní stadium trestního řízení, jehož smysl je vyjádřen v § 181 odst. 1. Soud zkoumá svoji příslušnost, zda v přípravném řízení nedošlo k podstatným vadám, které nelze v řízení před soudem napravit, zda byly v přípravném řízení objasněny základní skutečnosti, bez kterých by nemohlo hlavní líčení proběhnout.

Soud musí postupovat tak, aby řízení bez průtahů směřovalo k rozhodnutí věci. V zájmu urychlení řízení jsou i v řízení před soudem stanoveny nově lhůty směřující ke skončení řízení. Hlavní líčení (nebo předběžné projednání obžaloby, či jiný úkon směřující k rozhodnutí věci) musí být nařízeno v řízení před okresním soudem do 3 týdnů a v řízení před krajským soudem v prvním stupni do 3 měsíců od podání obžaloby. Když se vyskytnou závažné důvody, může předseda soudu lhůtu prodloužit nebo učinit jiné vhodné opatření k zajištění plynulosti řízení (např. přidělení věci jinému soudci). Nedodržení lhůty může založit kárnou odpovědnost soudce.

Vzhledem k tomu, že možnost vrácení věci k došetření soudem byla výrazně omezena, dává nová úprava oprávnění předsedovi senátu požádat policejní orgán o opatření jednotlivého důkazu a policejnímu orgánu ukládá povinnost mu bez průtahů vyhovět (§ 183 odst. 1). Stejně jako v přípravném řízení, i v řízení před soudem může být přibrán konzultant, jestliže se jedná o závažnou a skutkově složitou věc vyžadující znalost speciálního oboru.

Novela trestního řádu přichází v § 183a s novinkou -> s možností provést v řízení před soudem důkaz výjimečně a z důležitých důvodů mimo hlavní líčení či veřejné zasedání. Jde o reakci na volání praxe. Často se stávalo, že některá z předvolaných osob se k hlavnímu líčení nebo veřejnému zasedání nedostavila, a proto muselo být zasedání soudu odročeno, přestože byli přítomni státní zástupce i obhájce. Navíc hrozilo, že výslech takového svědka nebude možno později provést. Má-li však takový důkaz později sloužit jako podklad k rozhodnutí, musí být proveden v souladu se zákonem přímo v hlavním líčení či veřejném zasedání. Jeho provedení je možné i přečtením protokolu o výslechu takového svědka (který byl proveden v řízení před soudem mimo hlavní líčení). Musí však být dodrženy podmínky § 211 (zakotvení různých situací, kdy lze číst protokol o výslechu svědka) a § 102 odst. 2 (čtení protokolu o výslechu osoby mladší 15 let o okolnostech, jejichž oživování v paměti by vzhledem k věku mohlo nepříznivě ovlivňovat její duševní a mravní vývoj).

Soudu se ukládá větší povinnost dbát o ochranu svědků a osob jim blízkých, kterým v souvislosti s podáním svědectví hrozí vážné nebezpečí (smrt, újma na zdraví). Předseda senátu může požádat o ochranu těchto osob i po skončení výslechu Policii ČR.

Při objasňování trestného činu se soud zaměřuje také na objasnění příčin, které vedly k jeho spáchání (§ 184 odst. 1). To koresponduje s § 89 odst. 1, kde je uvedeno, které okolnosti je třeba dokazovat v trestním řízení (v tomto případě je zřejmá souvislost s písmenem 'g'). Novela do trestního řízení široce zapracovala různé spolupůsobení probačních a mediačních úředníků. Ti mají pomáhat jak v objasňování příčin trestné činnosti, tak i v urovnání sporu mezi obviněným a poškozeným, jak uvádí § 184 odst. 2. Probační a mediační služba má působit na vytváření podmínek, aby v případech, kdy to s ohledem na povahu a závažnost trestného činu přichází v úvahu, bylo možné vyřízení obžaloby formou tzv. alternativních způsobů řízení, tedy mimo hlavní líčení.

III. Předběžné projednání obžaloby

Hlavním účelem předběžného projednání obžaloby je zjišťování, zda přípravné řízení bylo konáno podle zákonem stanovených pravidel, a zda jeho výsledky poskytují dostatečné důvody k tomu, aby byl obviněný postaven před soud. Nezjišťuje se vina či nevina obžalovaného. Jde o fakultativní stadium, které může, ale nemusí být v řízení před soudem nařízeno. O tom rozhoduje předseda senátu po zvážení důvodů dle § 186 TrŘ. V řízení před samosoudcem se předběžné projednání obžaloby nekoná vůbec, ale samosoudce je povinen podanou žalobu přezkoumat ze stejných hledisek, o jakých hovoří § 186 (viz. § 314c odst. 1). Je-li obviněný ve vazbě, rozhodne soud při předběžném projednávání obžaloby vždy také o dalším trvání vazby (§ 192).

Není třeba na tomto místě podrobně rozebírat důvody, pro které se předběžné projednání obžaloby navrhuje. Stačí odkázat na § 186 (novela zpřesnila písmena 'e' a 'f') a na učebnice trestního práva procesního. Nutno však připomenout, že předseda senátu posuzuje obžalobu vždy v celém jejím rozsahu a ze všech hledisek v zákoně uvedených. Usoudí-li, že je třeba nařídit přezkoumání obžaloby v senátě, děje se tak zpravidla v neveřejném zasedání na podkladě zprávy, kterou předseda podá. Je možné provádět dokazování, ale pouze v rozsahu pro posouzení toho, zda má být vydáno některé rozhodnutí podle § 188. Nelze provádět dokazování směřující k meritornímu rozhodnutí věci.

V závislosti na zjištěných skutečnostech soud po předběžném projednání obžaloby učiní tyto kroky:
1. předloží věc k rozhodnutí o příslušnosti (spor rozhoduje nejbližší společně nadřízený soud) -> toto rozhodnutí nemůže učinit soud, jemuž byla věc přikázána nadřízeným soudem, ledaže by se skutkový podklad pro posouzení příslušnosti mezitím podstatně změnil.
2. postoupí věc jinému orgánu (nejde-li o trestný čin, ale o správní delikt)
3. zastaví trestní stíhání (nestal-li se skutek, je-li trestní stíhání nepřípustné,… => § 172 odst. 1); může uvážit i jeho zastavení podle § 172 odst. 2
4. přeruší trestní stíhání (§ 173 odst. 1 písm. a) až d) )
5. vrátí věc státnímu zástupci k došetření -> vzhledem k zásadě, že těžiště dokazování má ležet v řízení před soudem, zavedla novela přísnější posuzování předpokladů pro vrácení. Podmínkou jsou závažné procesní vady či nedostatečná skutková zjištění, jejichž odstranění či došetření ve stadiu před soudem by bylo spjato s výraznými obtížemi (např. opakované odročování líčení). Vrátit věc státnímu zástupci je možné i v případě, kdy soud skutek překvalifikoval, a věc je tudíž nutno blíže objasnit (§ 190). Soud musí v usnesení, kterým věc vrací, uvést, ve kterých směrech je třeba věc objasnit, jaké úkony je třeba provést.
6. trestní stíhání podmíněně zastaví nebo rozhodne o schválení narovnání

Proti rozhodnutím uvedeným pod body 2 až 6 může státní zástupce i obviněný podat stížnost, proti bodu 6 také poškozený. Nerozhodne-li soud ani jedním způsobem uvedeným výše, nařídí hlavní líčení.