Trestní řád vymezuje přípravné řízení v § 12 odst. 10 jako úsek řízení podle tohoto zákona, které může být zahájeno třemi způsoby:
- sepsáním záznamu o zahájení úkonů trestního řízení
- provedením prvního neodkladného či neopakovatelného úkonu
- zahájením trestního stíhání

1. Postup před zahájením trestního stíhání

Po novele TrŘ již není přípravné řízení diferencováno na fázi řízení před policejním orgánem a před vyšetřovatelem, čímž se omezuje duplicita jimi prováděných úkonů. Do přípravného řízení není zahrnována neformální fáze, která ještě není trestním řízením podle TrŘ (provádí se např. operativní policejní šetření - § 158 odst. 1). Policejní orgány a státní zastupitelství jsou povinni přijímat trestní oznámení (§ 158 odst. 2). Přitom musí oznamovatele poučit o odpovědnosti za vědomě nepravdivé údaje, a pokud o to požádá, do 1 měsíce ho vyrozumět o učiněných opatřeních.

Prověřování se podle definice § 12 odst. 10 stává prvním stadiem přípravného řízení. Podřizuje se tak dozoru státního zástupce a na druhé straně se umožňuje, aby úkony provedené v rámci prověřování oznámení byly v širší míře použitelné i v dalším řízení. Prověřování v rámci postupu před zahájením trestního stíhání se zahajuje sepsáním záznamu o zahájení úkonů trestního řízení (§ 158 odst. 3), nebo sepsáním takového záznamu bezprostředně po provedení prvního neodkladného či neopakovatelného úkonu. V tomto záznamu se uvedou skutkové okolnosti, pro které se řízení zahajuje a způsob, jakým se o nich orgán dověděl, tzn., že stručně popíše předchozí neformální policejní šetření. Opis záznamu zašle policejní orgán do 48 hodin od zahájení trestního řízení státnímu zástupci. Státní zástupce má již v této fázi některá oprávnění vůči policejnímu orgánu, která uvádí § 157 odst. 2 (vyžadovat spisy, zprávy o postupu při prověřování oznámení, odejmout věc a přikázat ji jinému policejnímu orgánu, dočasně odložit zahájení trestního stíhání).

Při prověřování opatřuje policejní orgán potřebné podklady a nezbytná vysvětlení a zajišťuje stopy trestného činu. Policejní orgán je oprávněn vyzvat osobu, aby se dostavila k podání vysvětlení (§ 158 odst. 6). V řízení o zvlášť závažném trestném činu je osoba povinna výzvě vyhovět ihned. Když se řádně vyzvaná osoba bez dostatečné omluvy nedostaví, může být předvedena. O obsahu vysvětlení (nejde-li o neodkladný či neopakovatelný úkon) se sepíše úřední záznam. Nestanoví-li zákon jinak, nelze jej v řízení před soudem použít jako důkaz.

Jelikož bylo již dříve zrušeno tzv. stíhání ve věci, zůstala policejnímu orgánu možnost provádět před sdělením obvinění v procesní formě pouze neodkladné a neopakovatelné úkony. To vedlo ve věcech, kdy dojde ke sdělení obvinění s odstupem několika měsíců nebo i let k tomu, že se orgány činné v trestním řízení dostávali do důkazní nouze, neboť okruh využitelných důkazů a jejich vypovídací hodnota se snižovaly. Navrhovaná změna umožňuje, aby v případech kdy nejsou podmínky pro sdělení obvinění mohla Policie provádět v potřebném rozsahu dokazování. Po sdělení obvinění nebudou prováděny v procesní formě důkazy, jejichž opakování pak státní zástupce na podporu obžaloby navrhne soudu.

Nově se proto zavádí možnost provést výslech svědka (a také rekognici) jako neodkladný či neopakovatelný úkon. Jelikož jsme stále v řízení před zahájením trestního stíhání, kde není znám obviněný a nemůže se jej účastnit, musí být takový úkon proveden za účasti soudce (§ 158a). Soudci však nepřísluší přezkoumávat to, zda jde opravdu o úkon neodkladný či neopakovatelný. V řízení před soudem se pak přečte protokol o tomto úkonu.

Policejní orgán může ve fázi prověřování výjimečně vyslechnout i jiné osoby jako svědky (§ 158 odst. 8), i když již nejde o neodkladný či neopakovatelný úkon. Jejich výčet uvádí § 164 odst. 1 (např. osoba mladší 15 let, osoba, na kterou může být vyvíjen nátlak,…). Musí však být splněny některé podmínky -> lze předpokládat, že prověřování bude trvat delší dobu a v důsledku toho hrozí ztráta důkazní hodnoty výpovědi. Je zde však omezení. Pokud výslechy těchto osob nebyly po zahájení trestního stíhání provedeny znovu podle § 164 odst. 4, nelze protokoly o jejich výslechu v hlavním líčení číst podle § 211, ale pouze předestřít podle § 212. 

Policejní orgán by měl fázi prověřování skončit během lhůt uvedených v § 159 odst. 1 (2, 3 a 6 měsíců - pořádkové lhůty). Jinak musí státnímu zástupci písemně zdůvodňovat, proč tomu tak není a navrhnout novou lhůtu. Státní zástupce ji může změnit. Jestliže není dodržena ani tato, předloží policejní orgán spis státnímu zástupci s odůvodněným návrhem na další prodloužení lhůty.

Nejde-li ve věci o podezření z trestného činu, může státní zástupce nebo policejní orgán dospět k názoru, že se jedná o přestupek (jiný správní delikt) nebo o kárné provinění a věc odevzdat příslušnému orgánu k projednání (§ 159a odst. 1).

Orgány činné v trestním řízení mají možnost věc usnesením odložit ještě před začátkem trestního stíhání:
- učiní tak, nejde-li ve věci o podezření z trestného činu (a věc neodevzdají)
- musí tak učinit, je-li trestní stíhání nepřípustné podle § 11 odst. 1 (§ 159a odst. 2)
- mohou tak učinit, je-li trestní stíhání neúčelné (§ 159a odst. 3)
- mohou věc odložit, jestliže se nepodařilo zjistit skutečnosti opravňující zahájit trestní stíhání. Pominou-li důvody odložení, trestní stíhání zahájí.

Trestní řád zná institut dočasného odložení trestního stíhání (§ 159b). Je-li to třeba k objasnění trestné činnosti spáchané ve prospěch zločinného spolčení, nebo jiného úmyslného trestného činu, anebo ke zjištění jejich pachatelů, může policejní orgán se souhlasem státního zástupce dočasně odložit zahájení trestního stíhání na nezbytnou dobu, nejdéle však o dva měsíce. Možné je opakované prodloužení lhůty (vždy nejvýše o další 2 měsíce) se souhlasem státního zástupce.

Fáze prověřování nemusí vůbec nastat, jestliže je přípravné řízení zahajováno přímo sdělením obvinění podle § 160. Pak se také nesepisuje záznam o zahájení úkonů trestního řízení.

2. Trestní stíhání, vyšetřování

§ 12 odst. 10 uvádí jako úsek trestního řízení "trestní stíhání". Trestní stíhání se zahajuje sdělením obvinění dle § 160. Od této chvíle se z podezřelého stává obviněný. Ve výroku usnesení o zahájení trestního stíhání musí být popsán skutek a označen trestný čin, který je v něm spatřován. Opis usnesení se doručuje obviněnému, obhájci a státnímu zástupci. Vyjdou-li najevo během vyšetřování další skutky, je pro ně sděleno další obvinění. Proti usnesení o zahájení trestního stíhání je přípustná stížnost (novela nejen že zavedla pro sdělení obvinění formu usnesení, ale též připustila proti němu stížnost, což je výrazem snahy o zesílení postavení státního zástupce v přípravném řízení a důrazu na výkon jeho dozoru).

Úsek přípravného řízení po zahájení trestního stíhání se nazývá vyšetřováním. Provádí jej policejní orgány stanovené v § 161 odst. 2. Trestné činy, které spáchali příslušníci Policie nebo BIS, koná státní zástupce (aby byla zachována objektivita řízení).

Stíhání trestných činů vyjmenovaných v § 163 je možné pouze se souhlasem poškozeného. Udělený souhlas lze vzít zpět až do doby, než se odvolací soud odebere k závěrečné poradě. § 163a pak uvádí důvody, kdy není souhlas poškozeného třeba (byla-li způsobena smrt, je-li poškozeným osoba mladší 15 let,…). Nevyjádří-li se poškozený nejvýše do 30 dnů, souhlas s trestním stíháním již dát nelze.

Postup při vyšetřování je z převážné části koncentrován do § 164. Policejní orgán postupuje při vyšetřování z vlastní iniciativy tak, aby co nejrychleji v potřebném rozsahu vyhledal důkazy k objasnění všech základních skutečností důležitých pro posouzení případu. Přitom postupuje a používá stejné prostředky, jako při fázi prověřování (§ 158 odst. 3, 4 => vyžaduje vysvětlení, provádí ohledání místa a věci, snímá daktyloskopické otisky,…). Provádí i další úkony podle hlavy IV (s výjimkou těch, které může provést pouze státní zástupce nebo soudce).

Ve fázi vyšetřování se provádí výslechy svědků pouze výjimečně - jde-li o neodkladný či neopakovatelný úkon a v dalších případech stanovených v § 164 odst. 1 (omezení, které se v tomto paragrafu uvádí není policejní orgán vázán, jde-li o trestné činy, o nichž koná řízení v prvním stupni krajský soud - § 169 odst. 1). Úkony, které byly provedeny před zahájením trestního stíhání, nemusí policejní orgán opakovat, byly-li provedeny způsobem odpovídajícím ustanovením tohoto zákona (např. policejní orgán zajistil listinný důkaz v souladu s § 158 odst. 3 písm. c), pak již nemusí ve fázi vyšetřování tento důkaz opatřovat znovu).

§ 165 zakotvuje a konkretizuje právo obviněného a jeho obhájce účastnit se vyšetřování. Policejní orgán může připustit účast obviněného na vyšetřovacích úkonech (zejména nemá-li obhájce). Obhájce je již od zahájení trestního stíhání oprávněn být přítomen při vyšetřovacích úkonech, jejichž výsledek může být použit jako důkaz v řízení před soudem (obhájce bude mít plnou možnost zúčastnit se v řízení před soudem všech úkonů dokazování; s ohledem na potlačení významu přípravného řízení a zejména jeho výsledků pro další průběh trestního řízení není důvod k neformálnímu šetření policie přibírat obhájce). Oznámí-li policejnímu orgánu, že se chce účastnit vyšetřovacího úkonu, nebo spočívá-li úkon ve výslechu svědka, který má právo odepřít výpověď, je policejní orgán povinen včas obhájci sdělit dobu a místo jeho konání.

Také pro skončení vyšetřování jsou určeny pořádkové lhůty (§ 167, § 170). U věcí, které se protahují nad rámec těchto lhůt se zavádí povinnost státního zástupce provádět nejméně jednou za měsíc prověrku věci a sepsat o ní záznam. Po skončení vyšetřování má obviněný a obhájce právo prostudovat spisy a učinit návrhy na doplnění vyšetřování.

Policejní orgán předkládá spis státnímu zástupci, který poté rozhoduje o:
- podání obžaloby (§ 176 an.),
- postoupení věci jinému orgánu (§ 171),
- zastavení trestního stíhání (§ 172) - rozšiřuje se možnost fakultativního zastavení trestního stíhání s ohledem na stupeň nebezpečnosti činu pro společnost a na chování obviněného po spáchání činu,
- přerušení trestního stíhání (§ 173),
- podmíněném zastavení trestního stíhání (§ 307), nebo
- povolení narovnání (§ 309).

Přesunem pravomoci rozhodovat v přípravném řízení na státního zástupce se sleduje posílení jeho dominantního postavení v přípravném řízení a zajištění účinnějšího výkonu dozoru (oprávnění uvádí § 157 odst. 2 a § 174 an.). Přesun oprávnění rozhodovat v přípravném řízení výlučně na státního zástupce je odůvodněn i významem takových rozhodnutí - jejich dopadem na možnost vést kdykoliv později trestní stíhání pro stejný skutek proti témuž obviněnému. V souvislosti s tím se posiluje postavení poškozeného, kterému se nově dává právo napadat usnesení o zastavení trestního stíhání a o postoupení věci stížností.

3. Zkrácené přípravné řízení

Novela zavedla novinku, která má vést k rychlejšímu projednávání nejméně závažné kriminality. Cílem zkráceného přípravného řízení je přivést obviněného co nejdříve před soud. Policejní orgán se v těchto případech zaměří jen na vyhledání zdrojů potencionálních důkazů, jejichž provedení navrhuje státní zástupce v řízení před soudem (z tohoto principu se připouští výjimka vztahující se k neodkladným a neopakovatelným úkonům). Na toto řízení po podání návrhu u soudu navazuje tzv. zjednodušené řízení.

Ohledně nejzávažnější části kriminality se stále koná vyšetřování v podobě jen nepatrně modifikované od dosavadní právní úpravy. Odlišnost od vyšetřování méně závažné kriminality spočívá v rozsahu důkazů, které mají být v průběhu vyšetřování provedeny a protokolárně zachyceny tak, aby byly použitelné v dalším řízení před soudem.

§ 179a stanoví podmínky, kdy se zkrácené přípravné řízení může konat -> jsou to trestné činy, u kterých zákon stanoví trest odnětí svobody nepřevyšující 3 roky, jestliže je splněn jeden z těchto předpokladů:
- podezřelý byl přistižen při činu nebo bezprostředně poté
- prověřování vedlo ke zjištění skutečností, které odůvodňují začátek trestního stíhání a lze očekávat, že podezřelého bude možno do 2 týdnů postavit před soud.

Orgány provádí úkony podle hlavy IX; mají-li vykonat neodkladný či neopakovatelný úkon, mohou postupovat podle hlavy IV. Zkrácené přípravné řízení (ZPŘ) musí být skončeno nejpozději do 2 týdnů od obdržení trestního oznámení či jiného podnětu. Po skončení ZPŘ může policejní orgán rozhodnout o odložení věci (z důvodu podle § 159a odst. 1-4). Nebo vypracuje zprávu a předá věc státnímu zástupci. Ten kromě jiných oprávnění (§ 179c odst. 2, 3) může soudu podat návrh na potrestání. Ten obsahuje stejné náležitosti jako obžaloba s výjimkou odůvodnění.

V případě, kdy je státnímu zástupci předána zadržená podezřelá osoba a on ji nepropustí na svobodu, předá ji nejpozději do 48 hodin od zadržení spolu s návrhem na potrestání soudu. Jinak rozhodne o zahájení trestního stíhání.

§ 179f odst. 1 vypočítává případy, kdy nelze zkrácené přípravné řízení konat.